Odborná knihovna dnešního Muzea J. A. Komenského byla budována současně s uherskobrodskou Musejní společností, tedy od roku 1898. Zpočátku fungovala jako příruční knihovna odborné literatury pro členy MS a její spolupracovníky, posléze se otevírala i širší veřejnosti.

Dnes má knihovna přes 30.000 svazků řazených do tematických okruhů: brodensia a regionální literatura, komeniána, historie, národopis, literatura, náboženství a dějiny církví, slovníky a encyklopedie, technické vědy, právní vědy, zeměpis a mapy, zemědělství, vojenství atd. Zvláštní část tvoří cca 1000 titulů časopisů odborných i zábavných a novin.